Thuộc dòng dõi Scotland và Ireland, Jim Morrison là con trai của đô đốc thuỷ quân George Stephen Morrison và Clara Clark. Cha mẹ anh gặp nhau tại Hawaii năm 1941, nơi mà Steve Morrison, khi đó còn là thiếu uý, đóng quân.

Jim Morrison sinh ngày 8 tháng 12 năm 1943 tại Melbourne, Florida, khoảng 2 năm sau cuộc tấn công Trân Châu Cảng. Sáu tháng sau, Clara Morrison chuyển đến Clearwater, Florida cùng với cậu con nhỏ để sống với bố mẹ chồng (Paul và Caroline Morrison) trong khi chồng bà trở lại Thái Bình Dương ngay trước thời kỳ diễn ra thế chiến thứ II. (Sau đó ông thăng cấp thành đô đốc và chỉ huy hạm đội của địa phương với con tàu đô đốc của mình là USS Bon Homme Richard (CVA-31) trong vụ Vịnh Bắc Bộ. Clara ở lại Florida với con trai; chồng bà không trở về thăm gia đình cho đến tận mùa hè năm 1946. Gia đình Morrison sau đó có thêm 1 bé gái, Anne Robin (sinh năm 1947 tại Albuquerque, New Mexico) và 1 bé trai, Andrew "Andy" Lee (sinh năm 1948 tại Los Altos, California).

Jim đã sống nay đây mai đó vì sự di chuyển liên tục của cha mình, từ Washington tới California, qua cả Albuquerque rồi tới New Mexico. Đến năm 1957, gia đình Morrison đã chuyển nhà lần thứ chín. Tính nết thất thường của anh đã bộc lộ rất sớm qua những trò chơi quái lạ, những câu đùa giỡn, sự bê tha và qua qua cả những bức vẽ thái quá so với lứa tuổi.

Đối với Morrison, một trong những sự kiện quan trọng nhất xảy ra trong cuộc đời anh là vào năm 1949 khi anh còn nhỏ, trong chuyến đi cùng gia đình đến New Mexico, khi anh cùng cha mẹ và ông bà đi ngang qua một vụ tai nạn tại một vùng hoang mạc. Như sau này anh nhắc lại trong ca khúc "Peace Frog"

"Indians scattered on dawn's highway bleeding, Ghosts crowd the young child's fragile egg–shell mind."(Những người Anh-điêng chạy tan tác trên xa lộ đầy máu, Những bóng ma vây quanh tâm hồn mỏng manh của đứa trẻ)Morrison nói rằng anh đã thấy những người Anh-điêng bị chảy máu cho đến chết và điều đó làm anh sợ hãi. Đến mức mà anh đã tin rằng linh hồn của những người Anh-điêng vừa tử nạn đã bay lượn, vây lấy anh và một trong số đó đã lao thẳng vào anh.

Cha mẹ anh đều xác nhận vụ tai nạn trên hoang mạc là chưa bao giờ xảy ra. Trong rất nhiều lần bình luận về tình tiết này, Morrison nói rằng anh đã rất rối loạn khi cha mẹ anh luôn nói rằng đó "chỉ là một cơn ác mộng" để làm anh bình tĩnh lại. Bất chấp vụ tai nạn là thật, là tưởng tượng hay được thêu dệt nên, Morrison vẫn nhắc lại những hình ảnh có liên quan trong những ca khúc, những bài thơ và những cuộc phỏng vấn của anh.

Morrison tốt nghiệp trường trung học George Washington tại Alexandria, Virginia vào tháng 6 năm 1961. Cha anh chuyển đến Nam California vào tháng 8. Morrison được gửi đến sống cùng với ông bà nội tại Clearwater, Florida, nơi anh tham gia những khoá học tại trường thiếu niên St.Petersburg.

Sau đó anh chuyến đến trường ĐH bang Florida (1962 – 1963), một nơi vẫn đầy đủ điều kiện giảng dạy thuận lợi nhưng lại quá xa cho việc đi lại hàng ngày. Do đó Morrison chuyển đến khu nhà ở của trường, nơi mà anh từng là bạn cùng phòng với George Greer, là thẩm phán sau này nổi tiếng với vụ Terri Schiavo.

Tháng 1 năm 1964, được khuyến khích bởi một giáo sư của FSU, Morrison chuyển đến Los Angeles, California nơi anh hoàn thành nốt tấm bằng tốt nghiệp của trường phim UCLA. Jim đã làm 2 bộ phim khi tham gia UCLA. Bộ phim đầu tiên có tên "First Love" sau này được phát hành rộng rãi.